आरोप है कि अमेरिकी राष्ट्रपति के शपथ ग्रहण से पहले फ्लिन ने रूस के खिलाफ अमेरिकी प्रतिबंधों पर रूसी राजदूत के साथ चर्चा की थी.
फ्लिन ने अमेरिकी न्याय विभाग की एक रिपोर्ट की पृष्ठभूमि में इस्तीफा दिया है. न्याय विभाग ने पिछले महीने ट्रम्प प्रशासन को यह चेतावनी दी थी कि फ्लिन ने अमेरिका में रूसी राजदूत के साथ अपनी बातचीत पर प्रशासन अधिकारियों को भ्रमित किया है और रूसी उन्हें ब्लैकमेल कर सकते हैं.
अमेरिकी राष्ट्रपति पद के चुनाव के दौरान ट्रम्प के शुरुआती समर्थकों में शामिल फ्लिन महज तीन सप्ताह तक ही शीर्ष राष्ट्रीय सुरक्षा सलाहकार पद पर रहे.
अमेरिकी सेना के लेफ्टिनेंट जनरल (सेवानिवृत्त) फ्लिन ने अपने इस्तीफे में राष्ट्रपति ट्रम्प और उपराष्ट्रपति माइक पेंस से उनके शपथ ग्रहण से पहले रूसी राजदूत के साथ हुई अपनी बातचीत की आधी-अधूरी जानकारी देने के मामले में माफी मांगी. यह पत्र व्हाइट हाऊस ने मीडिया में जारी किया है.
फ्लिन ने अपने इस्तीफा में लिखा, ”बतौर भावी राष्ट्रीय सुरक्षा सलाहकार अपनी सेवा के दौरान मैंने विदेशी समकक्षों, मंत्रियों और राजदूतों के साथ कई बार फोन पर बातचीत की. ये फोन कॉल सहज सत्ता हस्तांतरण तथा राष्ट्रपति और उनके सलाहकारों तथा विदेशी नेताओं के बीच आवश्यक संबंध निर्माण शुरू करने के लिये किये गये थे. इस तरह के फोन कॉल किसी भी सत्ता हस्तांतरण के दौरान मानक परिपाटी रहे हैं.”